La historia de Linares se remonta al proceso de colonización contemporánea dentro de la Amazonía ecuatoriana, sufrida a partir de 1920, donde el gobierno nacional promueve la ocupación de las tierras para la producción agropecuaria. Esto, unido al interés de aventuras y la explotación de oro en los ríos, atrajo a hombres y mujeres de diferentes lugares del país, formando nuevas familias que se constituyeron en nuevos pueblos emergentes, como lo que sucedió con Linares.
En los alrededores de 1930, Facundo Velasco, joven proveniente de Pintag en la Provincia de Pichincha, y Josefina Guatatoca Alvarado, lugareña radicada desde los primeros años de El Chaco, convertidos en esposos, cruzan el río Quijos y se radican en San Francisco de Asís, actual La Josefina. Establecidos entre la quebrada de los churos hasta el río Cauchillo, establecieron sus chacras y viviendas y procrearon los primeros hijos e hijas. Aprovechando la idea de los lavadores de oro que los antecedieron, que de forma creativa habían colocado un árbol de cedro en el cañón del río entre sus proezas, y además, los hombres de Alvarado y León frecuentaban para la cacería y es por ahí donde realizaron el cruce del río en sus primeros años. Luego, al cabo de 4 años, es decir, el 1 de enero de 1934, llega desde Puembo en la Provincia de Pichincha Paulino Zarria Moya por su interés en el oro del río Quijos, pero impresionado de la bondad de la tierra, se establece en el sector ubicado al margen izquierdo del río Cauchillo hasta el río Pacayacu, actual cabecera parroquial de Linares. Un año después, en 1935, llega su hijo Rafael Herneldo Zarria Vargas desde Puembo en la provincia de Pichincha. Las dos primeras familias soportan limitaciones de todo tipo, incluido el aislamiento con otros pueblos.
El Génesis del pueblo tiene que ver con una tercera decisión vital con importancia histórica para la actual parroquia Linares: la apertura de Paulino Zarria Moya y Rafael Herneldo Zarria Vargas, a partir del año 1950, de vender terrenos a nuevos colonos, abriendo así el camino para la conversión del sitio de dos familias en Caserío El Cauchillo a partir de 1950. E inmediata entrada de nuevas familias en 1950, como los Proaño Luis, más adelante Luis Chicaiza Chicaiza, y José María Chicaiza desde Pastocalle. Un año después, en 1951, nuevos colonos como Pompeyo Chiciaza Chicaiza desde San Juan de Pastocalle. Posteriormente, los esposos Julio y Cesilia Chicaiza y sus hijos. Insertándose en la comunidad desde dos puntos de vista, el comunitario y el religioso, logrando para el 15 de febrero de 1957 el establecimiento de una primera directiva al interior del grupo con la visita del reverendo José Antonio Guerrero, Pastor y presidente de la Sociedad de Iglesias Evangélicas Ecuatorianas y del señor Carlos Ortiz, coronel retirado. Una primera asamblea que eligió como Anciano a Rafael H. Zarria Vargas; Tesorero, a Julio Chicaiza; secretario, a Luis Chicaiza; Diáconos: Facundo Velasco, José Chicaiza, Heriberto Chicaiza, Galo Chicaiza, Manuel Benavides, Carlos Velasco, Crisanto Velasco; Diaconisas: María Cecilia Chicaiza, Orfelina Alvarado Jaramillo de Zarria, Carmen Elena Velasco De Chicaiza, Clara Moreno de Benavides, Josefina Guatatoca de Velasco, y Carmela Velasco.
Dentro de la comunidad se dan los primeros avances en la división de 14 parcelas de terreno de la propiedad de Paulino Zarria Moya, el 15 de febrero de 1957. En el recorrido inicial consiguen que a finales de la década, el 1 de enero de 1958, se constituya en iglesia Divino Nazareno, por lo que en los años 60 la comunidad alcanza un calificativo de "La comunidad de los evangélicos del Cauchillo". En 1961 se da un primer intento de construcción de una escuela para el sitio, sin resultado duradero. Más bien, en 1962 se da la creación de la escuela sin nombre, con su primer profesor Raúl Pazos.
El 8 de julio de 1962 se nombra el comité Pro-mejoras presidido por los ciudadanos: presidente, Rafael Herneldo Zarria Vargas; secretario, Raúl Pazos; Tesorero, Fernando Chicaiza. Se concreta la venta de 14 terrenos, la compra de terreno para el cementerio, la propuesta del proyecto de construcción de una pista de aterrizaje, adquisición de un cable en 1962. Construcción del primer camino vecinal en 1962 (1 km). Se habían incorporado nuevas familias como Acosta, Haro, Paillacho, Quishpe, Torres, Santa Fe, Puga, Pérez, Guaraca, Alquinga, Simba y Caiza. Se concreta la compra de terreno para la escuela Marañón en el mes de enero de 1963. Inicio de construcción de la pista el 1 de junio de 1964. Construcción de una plazoleta el 1 de junio de 1964, tras el fallido de construcción de la pista. Se crea el club deportivo Cabo Minacho en 1964, presidido por Raúl Pazos.
El 30 de abril de 1969 se da la creación de la Parroquia Linares confirmada en el registro oficial nro. 169 y con el mismo la creación de la tenencia política nombrado como teniente político ad honorem al señor Pompeyo Chicaiza. Los moradores de la parroquia estaban llenos de alegría por la tan grata noticia, al recibir el telegrama del delegado del gobierno mientras estaban en una minga en el desbanque de las peñas.
El gestor de la Parroquialización de Linares fue el diputado Ing. Simón Cárdenas (BUSTAMANTE, 1990). El Ing. Simón Bustamante manifiesta que lo hizo porque tuvo la oportunidad de haber desempeñado cargos en la administración municipal de Quijos, donde conoció las necesidades y aspiraciones de sus habitantes tanto colonos como nativos. Es así que, recogiendo un viejo anhelo de superación de los moradores del caserío El Cauchillo, consideró apropiado incluir su Parroquialización en el Proyecto de Decreto Legislativo de Reforma de la División Territorial de la Provincia de Napo.
Leighton Natanael Zarria Alvarado.